私營醫療機構規管辦公室（規管辦公室）（前身為"醫護機構註冊辦事處"）於2016年4月成立。
規管辦公室的牌照科負責處理根據、《私營醫療機構條例》（第633章）和《診療所條例》（第343章）的發牌及規管工作，以及協助香港警務處調查懷疑非法行醫的個案。
質素與標準科負責處理根據《私營醫療機構條例》（第633章）對小型執業診所的豁免申請，發展有關私營醫療機構的標準及規格，為諮詢委員會及私營醫療機構投訴委員會提供秘書及研究支援，支援醫務衞生局發展私營醫院，以及協助教育局根據《教育條例》（第279章）執行有關學校衞生之工作。